Applications 画面にある不要なアプリを削除する方法と影響について教えてください。

Applications 画面から不要なアプリを削除する方法は、
対象のアプリを選択 -> 右側詳細欄の「公開設定」欄にある「公開設定を編集」をクリック
-> 「削除」ボタンを選択することで削除が行えます。

また、複数のアプリをまとめて削除する場合は、
対象のアプリを複数選択 -> このアプリケーションの操作 で「削除」を選択し実行ください。

ただし、VPP を利用して配布したアプリを削除する場合は、
事前にデバイスやユーザに割り当てた VPP ライセンスを剥奪してから削除する必要があります。

デバイスに VPP ライセンスを付与したまま Applications 画面からアプリを削除すると、
デバイスやユーザに割り当てたVPP ライセンスが剥奪できない状態となります。
また、デバイスやユーザに割り当てた VPP ライセンスが残存している状態だと、
デバイスを MDM 管理下から外したい場合に、管理画面上からの完全削除が行えなくなります。

そのため、事前に削除したいアプリを配布しているデバイスおよびユーザから
VPP ライセンスを剥奪し、VPP ライセンスの「ユーザー割当数」と「デバイス割当数」が
0(全て剥奪されている状態)であることを確認のうえ、削除操作を実施ください。
VPP ライセンスの使用状況は、Applications 画面でアプリを選択し、右側の詳細画面にて確認が行えます。