iOS デバイスに複数の構成プロファイルをインストールしたのですが、一部、制限が反映されていません。

iOS デバイスに複数の構成プロファイルをインストールした際、プロファイルに重複する項目を設定していた場合は、セキュリティ強度が高い(より複雑な)内容が優先してデバイスに適用されます。
詳細については以下FAQをご確認ください。
iOS デバイスに設定が異なる複数の構成プロファイルをインストールした場合、どのような挙動になりますか?

また、制限設定プロファイルの場合、例えば制限項目「App の削除を許可(監視対象のみ)」のように、監視対象のデバイスにしか適用できない項目があります。
そのため、監視対象ではないデバイスに対して、監視対象のみ適用可能な制限項目を適用しようとしていないか、併せてご確認ください。