デバイス側でアプリケーションを削除できないようにする方法はありますか?

■iOS デバイスの場合

監視対象のデバイスであれば、設定可能となります。
制限設定プロファイルの制限項目のうち、「App の削除を許可(監視対象のみ)」のチェックを外した状態でプロファイルを作成し、デバイスに適用ください。

■Android デバイスの場合

DeviceOwner モードまたは COMP モードのデバイスであれば、設定可能となります。
管理プロファイル >「アプリ制御」の欄にて、「アプリのアンインストール制御」を "制限する" とした状態でプロファイルを作成し、デバイスに適用ください。